首先材料不同

水泥自流平：水泥及其他活性成分；

石膏自流平：低能耗改性半水建筑石膏为胶凝原料，配合超细无机填料及多种聚合物改性激发剂和多级配骨料，制备成单组份预制干粉料产品，与水调配后形成一种高流动性浆体。

施工厚度不同

水泥自流平：2-5mm

石膏自流平：3mm-mm

石膏基自流平可以做厚，厚度可达5公分以上，而且不容易空鼓和开裂，可一次性施工完成。

适用场合不同

水泥自流平：适用于经常与水接触、地面平整度误差较小的场地；

石膏自流平：适用于室内干燥区域、地暖回填找平、地面抬高找平、基层较好的木地板、地毯等的精找平、室内细石混凝土裂缝修补

总而言之，根据施工场地和施工要求来选择，场地需要经常与水接触且做的厚度小，选择水泥基自流平，场地需要厚层找平，基层平整度差选择石膏自流平。